Ketika lembaga pendidikan lain di Indonesia yang mengikuti perkembangan teknologi informasi mulai menerapkan Computer Based Test (CBT) dalam pelaksanaan Ujian Nasional, dalam Imtihan Nihaiy , Gontor tetap teguh pendirian dengan sistem ujian yang tidak menyediakan pilihan ganda sama sekali. Sebenarnya sistem ujian seperti itu bukan hanya dilaksanakan pada Imtihan Nihaiy alias ujian akhir untuk para santri kelas 6, sejak kelas satu, semua jenis ujian tulis yang ada di Gontor tidak pernah menyediakan pilihan ganda. Ujian tulis di Gontor sepenuhnya dilaksanakan dengan pertanyaan esai yang menuntut seorang santri untuk mengungkapkan hasil belajar yang tersimpan di dalam kepalanya ke dalam bentuk tulisan di atas kertas lembar jawaban. Pelaksanaan ujian semacam itu menuntut seorang santri untuk menguasai materi pelajaran seutuhnya. Sebab kelengkapan jawaban, kesesuaian huruf bahkan harokat aksara arab sekalipun bisa jadi mempengaruhi nilai. Begitu juga pada ujian materi pelajaran matem